組織系統
本院的組織
本院的組織系統分為審判系統、非訟系統、執行系統及行政系統。
審判系統
本院現法官人數（包括院長、庭長）共計6人，不易實施民、刑分流，為兼顧各項業務之歷練，司法事務分配，均係經全體法官會議研討決定，原則上由1法官辦理簡易、民事執行、非訟事件，餘均辦理民事、刑事、少年、家事、簡上等各類案件，又為配合行政訴訟庭之成立，由法官中經行政訴訟專業訓練2人，兼辦行政訴訟案件，及由院長兼任行政訴訟庭庭長，並隨時依業務需要，經同意而斟酌調整。
訴訟案件由法官一人審理者為獨任制，由法官三人負責審理，其中一人為審判長，稱之為合議制。每一位法官均配置紀錄書記官一人負責紀錄業務。
設置公設辯護（輔佐）人。對於：1、犯最輕本刑為三年以上有期徒刑案件。2、被告（少年）因智能障礙無法為完全陳述。3、被告（少年）具原住民身份，經依通常程序起訴或審判者。4、被告（少年）為低收入戶或中低收入戶而聲請指定者。5、其他審判案件，審判長認有必要者。如未自行選任辯護人，審判長即指定本院公設辯護（輔佐）人免費為其辯護。本院現設公設辯護人乙名，負責經審判長所指定之刑事案件之辯護，以保障刑事被告合法之訴訟權益。
非訟系統
為求訴訟程序迅速、經濟，對於一般無訟爭性之案件，特以非訟事件程序處理。本院設有非訟事件處理中心、公證處、提存所、及登記處，以辦理非訟事件。
非訟事件處理中心：
專門處理一般性、無訟爭性，僅需聲請即可處理之案件，例如支付命令、本票裁定、拍賣抵押物及公示催告等，儘量縮短處理流程，以維護債權人權益。由於程序簡易、迅速，當事人可迅速獲得保障，近年來聲請人數日漸增多。
公證處：
公證人辦理公認證事務時，就有關法律行為或私權事實，不僅為形式上之審查，並在實質上提供諮詢服務，消除一切可能引起紛爭之因素，以充分發揮保障隱私、防杜糾紛、疏減訟源及安定社會秩序之功能。為了提供民眾莊嚴隆重、經濟簡便之婚禮，本院公證處並設有古典雅緻之公證結婚禮堂，隨時為民眾辦理公證結婚典禮。
登記處：
受理法人登記及夫妻財產制契約之登記。
提存所：
受理提存及領取提存物。
執行系統
民事執行處：
由民事訴訟勝訴之當事人，或其他依法律規定得請求法院強制執行者，依法提出聲請，藉由國家的強制力，強制債務人履行債務，以實現債權人之權益。
執行項目：
- 確定終局裁判及假執行之執行。
- 假扣押、假處分之聲請及執行。
- 本票裁定、拍賣抵押物之強制執行等等。
不動產拍賣情形：
執行處於每星期之固定時間，在一樓投標室公開拍賣查封之不動產，欲承買者，需填寫投標書（可向本院服務窗口免費索取），並繳交保證金後始能參與投標，投標方式，如拍賣公告有載明得通訊投標者，則可自行選擇以通訊投標或現場投標參加投標，惟如選定通訊投標時，投標人應將願買之標的及願出價額，填具投標書並連同應繳之保證金票據(開立臺灣澎湖地方法院為受款人、並記載禁止背書轉讓)妥為密封，並依司法院規定標封之格式載明相關內容，再將標封黏貼於信封，寄達本院指定之地址，其投標始為有效。採通訊投標之事件，於拍賣期日由執行法官或司法事務官、書記官會同政風人員前往指定之處所或郵政信箱領取通訊投標信函，並於開標前由書記官會同政風人員將投標信函投入標匭中。
投開標之際任何人均可進入投標室觀看。開標前標櫃內投標書所載之標價，他人決對無法知悉，即使執行人員亦然。開標時間截止後，標櫃自動關閉，逾時者，投標書將無法投入標櫃，以杜投機。拍賣程序完全公正、公平與公開。
民眾取得法拍資料之方法有下列三種：
- 於本院民事執行處辦公室內閱覽拍賣公告。
- 於本院一樓民事執行處外及當事人休息區設置之拍賣資訊電子公告欄供當事人查閱拍賣資料。
- 自司法院全球資訊網法拍屋網址中查詢相關拍賣資料。
行政系統
院長為法官兼任，除綜理全院行政事務外，並兼辦審判案件。
書記處置書記官長一人，承院長之命處理行政事務，並指揮監督書記處之一切事務。
書記處下分設民、刑紀錄科（辦理民、刑事、少年、家事等案件）、民事執行紀錄科、簡易庭紀錄科、研究考核科、文書科、總務科、訴訟輔導科及法警室等單位，並由相關單室聯合組成單一窗口聯合服務中心受理民眾服務事項。
此外尚有人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室等，分別處理各該科室行政業務。
成立家事事件服務中心：
基於司法為民之理念，整合家事之社會資源以協助家事訴訟當事人及關係人，本院於102年3月28日成立唯一離島地區之家事服務中心，目前以提供有需求之家事個案基本之社會資源轉介服務，並由本院家事庭與縣政府社會處輪流定期召集家事事件服務社會網絡之業務聯繫座談會議，希望有效整合家事事件處理相關的社會資源，提供事件相關的家庭更完整的協助；目前本院家事事件中心的任務，包括協助家事法庭開庭前之庭前準備及陪同個案之服務，並協助執行子女交往會面、提供社福服務諮詢、處理個別化資源轉介服務、辦理外展性社區法令宣導服務及觀念倡導，若遇特殊家庭狀況之當事人，並將通報社政體系。
- 發布日期:110-04-23
- 更新日期:112-01-16
- 發布單位:臺灣澎湖地方法院文書科