澎湖於清康熙22年入版圖設澎湖巡檢，隸臺灣縣，明治28年3月，日軍攻佔澎湖之初施軍政，同年6月28日公布「地方假官制」，規定澎湖島司兼管司法事務，隸屬於陸軍局法官部。翌年5月澎湖廢軍政，同時公布法院第1號條例，設置「臺灣總督府澎湖島地方法院」。明治31年8月，公布法院第16號條例，將「臺灣總督澎湖島地方法院」，改稱「臺灣總督府臺南地方法院澎湖出張所」，至大正10年7月，又依據「地方法院管內出張所名稱位置管轄區域」將「澎湖出張所」改為「馬公出張所」，至昭和15年（民國29年）澎湖劃歸高雄地方法院管轄，原設之臺南地方法院馬公出張所，遂更名為高雄地方法院馬公出張所，並正式受理一般民刑事訴訟案件。

　　 臺灣光復之初，澎湖縣訴訟案件仍歸臺灣高雄地方法院管轄，訴訟當事人遇有案件均須遠赴高雄出庭應訊，往返渡海，深為不便，前司法行政部（即今法務部）於民國38年12月26日為求便民，核准設立「臺灣澎湖地方法院」，初租民房為法院辦公處所，次年2月25日正式開始受理民、刑訴訟案件及非訟事件，迄民國42年2月間，始行籌建院宇，擇定馬公市中華路48號為院址，於同年10月16日開工興建，至43年3月20日落成，同時遷入辦公。嗣因業務增加員額增多，原有院宇過於狹小，不敷使用，於民國66年間就原址改建二層辦公廳舍，改建迄今，歷經30年，天雨漏水，空間狹窄，已不敷使用，為提升服務品質，落實司法為民，改善辦公環境，司法院於87年間與法務部第116次院部會談，擇定本院馬公簡易庭南側土地遷建司法新廈。

審判系統
�怚趕|現法官人數（包括院長、庭長）共計5人，不便實施民、刑分流，除1法官辦理簡易、民事執行、非訟事件，餘均辦理民事、刑事、少年、家事、簡上等各類案件。

�侀D訟案件由法官一人審理者為獨任制，由法官三人負責審理，其中一人為審判長，稱之為合議制。每一位法官均配置紀錄書記官一人負責紀錄業務。

�妘]置公設辯護（輔佐）人。對於犯最輕本刑為三年以上有期徒刑罪，或因智能障礙無法為完全陳述之被告（少年），或其他必要情形，如未自行選任辯護人，審判長即指定本院公設辯護（輔佐）人免費為其辯護。本院現設公設辯護人乙名，負責經審判長所指定之刑事案件之辯護，以保障刑事被告合法之訴訟權益。

非訟系統
為求訴訟程序迅速、經濟，對於一般無訟爭性之案件，特以非訟事件程序處理。本院設有非訟事件處理中心、公證處、提存所、及登記處，以辦理非訟事件。

�怮D訟事件處理中心
專門處理一般性、無訟爭性，僅需聲請即可處理之案件，例如支付命令、本票裁定、拍賣抵押物及公示催告等，儘量縮短處理流程，以維護債權人權益。由於程序簡易、迅速，當事人可迅速獲得保障，近年來聲請人數日漸增多。

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公證人辦理公認證事務時，就有關法律行為或私權事實，不僅為形式上之審查，並在實質上提供諮詢服務，消除一切可能引起紛爭之因素，以充分發揮保障隱私、防杜糾紛、疏減訟源及安定社會秩序之功能。為了提供民眾莊嚴隆重、經濟簡便之婚禮，本院公證處並設有古典雅緻之公證結婚禮堂，隨時為民眾辦理公證結婚典禮。

�妗n記處
受理法人登記及夫妻財產制契約之登記。

�伝ㄕs所
受理提存及領取提存物。

執行系統
民事執行處
��由民事訴訟勝訴之當事人，或其他依法律規定得請求法院強制執行者，依法提出聲請，藉由國家的強制力，強制債務人履行債務，以實現債權人之權益。

��執行項目有：ぇ確定終局裁判及假執行裁判之執行。
　　　　　　　 え假扣押、假處分之聲請及執行。
　　　　　　　ぉ本票裁定、拍賣抵押物之強制執行等等。
　　　　　　　お其他依法律規定得為強制執行名義之執行。

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ぇ執行處於每星期之固定時間，在一樓投標室公開拍賣查封之不動產，欲承買者，需填寫投標書（可向本院服務窗口購買），並繳交保證金後始能參與投標。

え投標之際任何人均可進入投標室觀看。開標前標櫃內投標書所載之標價，他人決對無法知悉，即使執行人員亦然。開標時間截止後，標櫃自動關閉，逾時者，投標書將無法投入標櫃，以杜投機。拍賣程序完全公正、公平與公開。

ぉ民眾取得法拍資料之方法有下列三種：

1. 於本院公告欄或民事執行處辦公室內閱覽拍賣公告。
2. 於本院單一窗口設置之觸摸式電腦語音查詢系統及當事人休息室設置電腦提供當事人查閱拍賣資料。
3. 自司法院全球資訊網法拍屋網址：www.judicial.gov.tw/alx/ 中查詢相關拍賣資料。

行政系統
�怜|長為法官兼任，除綜理全院行政事務外，並兼辦審判案件。